SOWAHA作为抑癌基因影响代谢重编程

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE282103

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数据说明

背景：SOWAHA，又称ANKRD43，是锚蛋白重复结构域家族的成员。研究表明，SOWAHA与结直肠癌患者的微卫星不稳定性（MSI）状态相关，并可能作为胰腺癌的预后生物标志物。然而，关于SOWAHA在其他类型癌症中的报道很少，SOWAHA在癌症中的具体机制也尚不清楚。方法：基于美国国家生物技术信息中心（NCBI）、癌症基因组图谱（TCGA）、基因型-组织表达项目（GTEx）、cBioPortal、人类蛋白质图谱（HPA）、整合肿瘤基因组学（IntOGen）等数据库，我们揭示了SOWAHA潜在的肿瘤基因组特征，包括与预后、突变、免疫细胞浸润和DNA甲基化的相关性，并评估了其在泛癌中与肿瘤异质性和干性、趋化因子及趋化因子受体、免疫调节剂的关联。此外，我们在SW620细胞中敲低SOWAHA并进行了RNA-seq分析，随后进行功能富集分析以揭示SOWAHA的生物学意义。

结果：SOWAHA是结直肠癌（COAD）中的抑癌基因，具有早期诊断潜力，其低表达水平与胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤（GBMLGG）、胰腺腺癌（PAAD）及其他癌症的不良预后相关。它与多种上皮癌中的免疫细胞浸润、DNA甲基化、肿瘤异质性和干性相关。此外，我们的实验揭示SOWAHA在癌症代谢相关通路中显著富集，如“P53信号通路”、“PI3K-AKT信号通路”以及“癌症通路”、“泛素介导的蛋白水解”、“RNA降解”等。我们还鉴定了两个调控SOWAHA的潜在转录因子TBX4和FOXP2，它们在SW620细胞中表达失调。结论：SOWAHA作为一种抑癌基因，也可能作为一种有价值的生

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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