BMP通路基因高表达区分与较短生存相关的非典型畸胎样/横纹肌样肿瘤亚群

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE28026

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数据说明

肿瘤的分子谱分析已被证明是识别髓母细胞瘤、胶质母细胞瘤及其他癌症中预后和诊断亚组的一种有价值工具。然而，非典型畸胎样/横纹肌样瘤（AT/RTs）的分子图谱在很大程度上仍未被探索。为解决这一问题，我们使用微阵列技术检测了18例AT/RTs的基因表达谱，并进行了无监督层次聚类分析以确定分子上相似的亚组。共识别出四个主要亚组（聚类）。这些亚组与性别、肿瘤位置或22号染色体单体性均无关联。各聚类显示出不同的基因特征及富集生物学过程的差异，包括聚类4中脉络丛基因表达的升高。此外，不同聚类间的生存期存在显著差异，聚类3和聚类4的生存期最短（平均4.7个月），而聚类1和聚类2的生存期较长（平均28.1个月）。分析显示，在短生存期聚类中，多个骨形态发生蛋白（BMP）通路基因上调，其中BMP4的上调最为显著（270倍）。

因此，在该数据集中，BMP通路基因的高表达与生存率呈负相关。我们的研究表明，AT/RTs中存在分子亚群，对这些相对罕见肿瘤的分子特征分析可能具有诊断、预后及治疗价值。关键词：非典型畸胎样/横纹肌样瘤；骨形态发生蛋白通路；BMP4；生存；微阵列。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。