SIRT2 调控 SMARCB1 缺失所致 ATRT 分化阻滞 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE273417

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非典型畸胎样横纹肌样瘤（ATRT）是一种高度侵袭性的儿童脑肿瘤，总体生存率较差。ATRT的显著分子特征是SMARCB1缺失，导致基因组表观遗传失调。SMARCB1缺失通过调控基因表达影响谱系定向和分化。我们假设其他表观遗传因子与SMARCB1缺失协同作用，控制细胞自我更新并驱动ATRT。我们确定SIRT2是ATRT的主要依赖性因子。利用RNA-seq、CUT&RUN和单细胞RNA测序在ATRT模型系统中的组合应用，我们观察到在遗传性（使用shRNA）或化学性（使用Tenovin或Thiomyristoyl（TM））SIRT2失活的ATRT细胞中，活性染色质发生全基因组重组，基因表达显著改变。异种移植肿瘤的单细胞RNA转录组分析显示，在体内表达干细胞基因的肿瘤细胞被消除，表达分化基因的肿瘤细胞扩增。此外，SIRT2抑制在原位异种移植模型中诱导凋亡、减少肿瘤生长并延长生存期。

总之，我们证明了SIRT2抑制是SMARCB1缺失肿瘤的一种分子脆弱性，具有治疗潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。