FFPE来源原发性脑肿瘤转录组学
该数据集来自NCBI GEO，标题为FFPE来源原发性脑肿瘤转录组学，基于RNA测序对FFPE来源生物材料进行分析，旨在理解脑肿瘤发生的关键因素
基本信息
资源简介
FFPE来源原发性脑肿瘤转录组学
GSE272042 是一个来自 NCBI GEO 的转录组学数据集，标题为“FFPE 来源原发性脑肿瘤转录组学”。该数据集聚焦于原发性脑肿瘤，这类肿瘤异质性高，包含发病率高且侵袭性强的胶质母细胞瘤。研究者基于 FFPE 来源生物材料的 RNA 测序构建了自有数据库，旨在理解脑肿瘤发生的关键因素。数据集以单个 GZIP 压缩的系列矩阵文件提供，主题标签涉及高通量测序表达谱分析，物种标签为 9606（人类），平台为 GPL21697。该数据集适合作为脑肿瘤转录组表达谱研究的参考资源，用于探索 FFPE 样本在脑肿瘤分子研究中的应用。
【数据集背景】
原发性脑肿瘤具有高度异质性，其中胶质母细胞瘤是最常见且最具侵袭性的类型之一。为理解脑肿瘤发生背后的关键因素，相关研究基于 FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）来源的生物材料开展 RNA 测序，并据此构建了自有数据库。该数据集正是这一研究工作的转录组学数据集合，归属于肿瘤 / 脑肿瘤分类，来源于 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
该数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE272042_series_matrix.txt.gz，即 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、平台编号 GPL21697 以及物种编号 9606。数据集英文名称为“GSE272042: Transcriptomics of FFPE-derived primary brain tumours”，源站标题为“Transcriptomics of FFPE-derived primary brain tumours”。除上述文件与标签信息外，源站未提供更细化的样本数量、基因数量或分组信息。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），作者为 Luis，M，Valor，发布时间为 Jul 11 202。源站描述指出，研究材料为 FFPE 来源的生物材料，检测手段为 RNA 测序，研究对象为原发性脑肿瘤。该数据集的主题标签表明其属于高通量测序表达谱分析，物种为人类（9606），参考平台为 GPL21697。
【适用场景】
该数据集可用于脑肿瘤转录组表达谱的参考性分析，尤其适合关注 FFPE 来源样本的 RNA 测序研究场景。由于源站描述强调脑肿瘤异质性与胶质母细胞瘤的侵袭性，该数据可作为理解脑肿瘤发生关键因素的表达谱资源。此外，其系列矩阵文件形式便于在本地开展表达数据的读取、核对与后续分析流程的接入。具体适用的分析类型与研究方向，源站未提供进一步说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE272042_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于数据集仅提供单个系列矩阵文件，使用时应以该文件为核心数据载体，结合平台编号 GPL21697 与物种标签 9606 进行注释对接。更详细的读取参数与处理步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 FFPE 来源生物材料，源站描述未提供具体的质控指标、样本量或测序深度等信息。数据集仅包含 1 个文件，未提供原始测序数据或其他辅助文件的说明。发布时间标注为 Jul 11 202，年份信息不完整。关于数据质量评估、批次效应或技术偏差的具体说明，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Luis，M，Valor，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。使用者在引用或再分发前，应自行向源站核实相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE272042
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
原发性脑癌具有高度异质性，其中包括最常见且最具侵袭性的胶质母细胞瘤。为了解脑肿瘤发生的关键因素，我们基于FFPE来源生物材料的RNA测序构建了自己的数据库。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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