GSE268110：EC-8042破坏初级SP/KLF转录调控网络及HDACi治疗诱导的次级网络[SP1与H3K27me3 CUT&Tag]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268110

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

弥漫性内生性桥脑胶质瘤（DIPGs）是一种致命的小儿脑肿瘤，常伴有H3K27M突变，目前尚无有效治疗方法。已证实DIPG开放的染色质区域高度富集SP/KLF基序。通过对人桥脑祖细胞（hPPCs）和H3K27M突变的DIPG细胞进行SP1和H3K27me3的CUT&Tag检测，我们发现SP1占据的增加与H3K27me3的丢失相关。在此，我们的表观基因组分析揭示，与正常桥脑神经祖细胞相比，H3K27M突变的DIPG细胞开放染色质区域中SP/KLF转录因子显著富集。我们表明，SP1的耗竭或用EC-8042（一种优化的普卡霉素类似物）抑制SP/KLF DNA结合，可显著抑制H3K27M-DIPG细胞的增殖和侵袭性。在表观遗传药物的筛选中，我们发现组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）与EC-8042协同作用，抑制H3K27M-DIPG细胞的生长。

在分别用DMSO、EC-8042、vorinostat以及vorinostat与EC-8042联合处理SU-DIPG-XVII细胞后，对SP1进行的CUT&Tag分析显示，HDACi处理增强了染色质对SP/KLF因子的可及性，而EC-8042则同时破坏了初级SP/KLF转录调控网络以及由HDACi处理诱导的次级网络。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。