EC-8042破坏SP/KLF原发与HDACi诱导的次级转录调控网络的ATAC-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268109

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPGs）是一种致死性儿童脑肿瘤，常携带H3K27M突变，目前尚无有效治疗方法。通过对人脑桥祖细胞（hPPCs）和H3K27M突变的DIPG细胞进行ATAC-seq，我们发现DIPG开放的染色质区域高度富集SP/KLF基序。我们证明，敲低SP1或用EC-8042（一种优化的光神霉素类似物）抑制SP/KLF DNA结合，可显著抑制H3K27M-DIPG细胞的增殖和侵袭能力。在表观遗传药物的筛选中，我们发现组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）与EC-8042协同抑制H3K27M-DIPG细胞生长。随后，我们对分别用DMSO、EC-8042、伏立诺他以及伏立诺他联合EC-8042处理的SU-DIPG-XVII细胞进行了ATAC-seq，发现HDACi处理增强了染色质对SP/KLF因子的可及性，而EC-8042则同时破坏了初级SP/KLF转录调控网络和HDACi处理诱导的次级网络。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。