儿童脑肿瘤对多种溶瘤病毒异质性敏感性的基因分子谱预测数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE260516

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管经过数十年的研究，高级别儿童脑肿瘤（PBTs）的预后仍然不容乐观，然而，近期在使用溶瘤病毒（OVs）的临床试验中记录了有利临床反应的病例。因此，我们采用四种不同种类的OVs：腺病毒Delta24-RGD、单纯疱疹病毒rQNestin34.5v1、呼肠孤病毒R124和非致病性新城疫病毒rNDV-F0-GFP，针对三种PBTs实体（高级别胶质瘤、非典型畸胎样/横纹肌样肿瘤和室管膜瘤）来确定其体外疗效。这四种OVs在14个患者来源的球状体上进行筛选，并使用基于ATP的测定法评估溶瘤程度。随后，观察到的病毒疗效与全转录组数据相关联，并进行了基因本体论分析。尽管未观察到显著的肿瘤类型特异性OV疗效，但全转录组分析揭示了与OV疗效相关的内在生物学过程。这些分子特征的预测能力通过在额外的PBTs上筛选OV体外疗效得到了进一步验证。

总之，我们的结果证明了多种患者来源的PBT实体对OV的敏感性，以及利用独特的分子谱预测体外对OV反应的能力。这些分子谱突出了实现有效溶瘤的细胞内在因素，这有可能实现对患者的分层，并带来更好的OV反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。