儿童恶性胶质瘤样本的Affymetrix SNP芯片数据

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儿童恶性胶质瘤样本的Affymetrix SNP芯片数据

GSE25589 是一个面向儿童恶性胶质瘤的 Affymetrix SNP 芯片数据集，收录了该队列中所有可获得的 SNP 数据。样本来源于福尔马林固定石蜡包埋组织，属于肿瘤与脑肿瘤研究范畴。该数据集由 Aleksandr I. Lisovich 提交，发布于 2011 年 11 月 23 日，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据集不包含任何临床数据，整体以基因组变异谱分析为目标，主题标签涵盖基于 SNP 芯片的基因组变异分析、GPL3720 平台以及人类物种编号 9606。数据集共包含 1 个文件，样例文件名为 GSE25589_series_matrix.txt.gz，适合用于儿童恶性胶质瘤的基因组变异相关研究。

【数据集背景】

儿童恶性胶质瘤是发生于儿童群体中的恶性脑肿瘤，其基因组层面的变异特征对于理解疾病机制具有重要意义。该数据集正是围绕这一疾病类型构建，旨在通过 Affymetrix SNP 芯片技术获取儿童恶性胶质瘤样本的基因组变异信息。数据集标题明确指向“儿童恶性胶质瘤样本的 Affymetrix SNP 芯片数据”，主题标签中包含“Genome variation profiling by SNP array”，说明其核心用途是进行基因组变异谱分析。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于公共数据库资源。该数据集由 Aleksandr I. Lisovich 提交，发布时间为 2011 年 11 月 23 日。数据集被归类于肿瘤与脑肿瘤方向，服务于儿童恶性胶质瘤的基因组研究需求。

【数据内容】

该数据集包含一个文件，样例文件名为 GSE25589_series_matrix.txt.gz。文件以 GZIP 压缩包形式提供。数据集收录了来自儿童恶性胶质瘤样本队列的所有可用 Affymetrix SNP 数据。样本组织类型为福尔马林固定石蜡包埋组织。数据集不包含临床数据。主题标签包括“Genome variation profiling by SNP array”“GPL3720”以及“9606”，分别对应基于 SNP 芯片的基因组变异分析、芯片平台标识以及人类物种编号。数据内容聚焦于 SNP 层面的基因组变异信息，未涉及临床注释或随访信息。

【采集与来源】

样本来源于儿童恶性胶质瘤队列，经福尔马林固定石蜡包埋处理。数据通过 Affymetrix SNP 芯片平台获取，平台标识为 GPL3720。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据集作者为 Aleksandr I. Lisovich，发布时间为 2011 年 11 月 23 日。源站描述指出，数据包括该儿童恶性胶质瘤样本队列中所有可用的 Affymetrix SNP 数据，且无临床数据可用。样本物种为人类，编号 9606。整体采集过程围绕 SNP 芯片检测展开，未涉及其他类型的组学数据。

【适用场景】

该数据集适用于儿童恶性胶质瘤的基因组变异谱分析研究，尤其是基于 SNP 芯片的变异检测。由于主题标签明确指向“Genome variation profiling by SNP array”，其典型用途包括基因组拷贝数变异、杂合性缺失等 SNP 层面的变异分析。数据集来源于福尔马林固定石蜡包埋组织，适合在回顾性样本条件下开展基因组研究。由于不包含临床数据，该数据集不适用于需要临床关联分析的研究场景。该数据集可用于方法学验证、平台比较或作为儿童恶性胶质瘤基因组变异的参考数据。适用场景限于 SNP 芯片数据分析，不涉及其他类型的数据应用。

【使用方法】

使用该数据集时，可下载数据文件 GSE25589_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，需按相应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入。由于数据集仅包含一个文件，使用流程相对直接。读取时应关注 SNP 芯片数据特有的字段结构，确保解析正确。在批量处理前进行小样本验证，有助于避免因格式或编码问题导致的分析偏差。该数据集不包含临床数据，因此使用过程中无需考虑临床字段的对接。整体使用应围绕 SNP 芯片数据的读取与分析展开。

【质量与限制】

该数据集的主要限制在于不包含任何临床数据，源站描述明确说明“No clinical data is available”。这意味着无法进行临床关联分析或预后相关研究。样本来源于福尔马林固定石蜡包埋组织，此类组织在处理过程中可能对核酸质量产生影响，但源站未提供具体的质量评估信息。数据集仅包含一个文件，文件数量有限。发布时间为 2011 年 11 月 23 日，平台标识为 GPL3720。源站未提供关于样本量、数据完整性或质控指标的进一步说明。主题标签涵盖基因组变异谱分析、平台标识与物种编号，未涉及其他质量相关维度。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Aleksandr I. Lisovich，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 2011 年 11 月 23 日。数据集标题为“Affymetrix SNP array data for Pediatric malignant glioma samples”。关于引用方式与许可条款，源站未提供具体说明。使用该数据集时，应参考来源站 ncbi.nlm.nih.gov 的相关政策与要求。数据集本身未在提供的信息中附带许可声明或使用限制说明。引用时应至少标注数据集名称、作者、来源站及发布时间。具体引用格式与许可条件需以来源站公布的信息为准。