原发性胶质母细胞瘤患者组织下一代测序(Total RNA-seq)
该数据集为GSE255626,来源于NCBI,包含原发性胶质母细胞瘤(GBM)患者组织的总RNA测序数据。研究对52例原发性GBM患者的72份肿瘤组织进行了total RNA-seq,旨在探究原发性GBM的转录组景观

基本信息
资源简介
原发性胶质母细胞瘤患者组织下一代测序(Total RNA-seq)
GSE255626 是一个来源于 NCBI 的原发性胶质母细胞瘤(GBM)转录组测序数据集,全称为“Next generation sequencing from primary glioblastoma patient tissues (Total RNA-seq)”。该数据集聚焦肿瘤与脑肿瘤方向,收录了来自原发性 GBM 患者组织的总 RNA 测序数据。研究对 52 例原发性 GBM 患者的 72 份肿瘤组织开展 total RNA-seq,目的在于探究原发性 GBM 的转录组景观。数据集以高通量测序表达谱分析为主题,包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE255626_series_matrix.txt.gz,作者为 JeongMin、Sim,发布时间为 Feb 12 202,主题标签涉及 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606。
【数据集背景】
胶质母细胞瘤是中枢神经系统常见的恶性肿瘤,对其转录组层面的系统刻画有助于理解肿瘤的分子特征。该数据集正是围绕原发性 GBM 患者组织展开的总 RNA 测序工作,源站描述明确指出其研究目的是调查原发性 GBM 中的转录组景观。数据集归属于肿瘤 / 脑肿瘤分类,主题标签表明其属于高通量测序驱动的表达谱分析,物种标签指向人类(9606),平台标签为 GPL24676。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE255626_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵形式的汇总文件。源站描述显示,测序对象为 72 份来自 52 例原发性 GBM 患者的肿瘤组织,采用 total RNA-seq 策略。主题标签中的 Expression profiling by high throughput sequencing 说明数据性质为表达谱分析,GPL24676 为对应的测序平台标识。除上述信息外,源站未提供更细的样本分组、基因注释版本或表达量矩阵字段说明。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 基因表达数据库体系下的公开数据。样本来自原发性 GBM 患者的手术肿瘤组织,共 52 例患者、72 份组织,采用总 RNA 测序进行转录组数据采集。作者信息为 JeongMin、Sim,发布时间为 Feb 12 202。关于具体的伦理审批、样本纳入排除标准与测序建库细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于原发性 GBM 转录组景观的探索性分析,例如表达谱层面的样本间比较、转录本整体特征描述,以及作为脑肿瘤分子研究的外部参考数据。由于其主题标签为高通量测序表达谱分析,也可用于与同类 GBM 表达谱数据集的对照研究。需要说明的是,具体分析用途应结合数据实际内容判断,源站未提供针对特定分析场景的说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE255626_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。对于系列矩阵文件,通常需要解析样本信息与表达值部分,具体字段含义应结合文件实际内容确认,源站未提供字段级说明。
【质量与限制】
数据集为公开来源的测序表达谱数据,样本量为 52 例患者、72 份组织,属于中等规模研究。由于仅包含 1 个系列矩阵文件,原始测序读段、比对文件与详细质控指标是否可得,源站未提供。数据的具体质控标准、批次信息与归一化方法,源站未提供。使用时应关注样本来源与平台信息对结果的影响。
【引用与许可】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 JeongMin、Sim,发布时间为 Feb 12 202。关于该数据集的具体许可条款与推荐引用格式,源站未提供,使用与再分发前应查阅源站页面获取权威说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255626
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
To investigate transcriptome landscape in primary GBM, we performed total RNA-seq using 72 tumor tissues from 52 patients with primary GBM.
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