配对原发与复发胶质母细胞瘤多维分析：小胶质细胞FCGR1A(CD64)及其他FCGRs参与肿瘤复发[seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE254145

标准获取流程：

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数据说明

引言：胶质母细胞瘤（GBM）是一种致死性脑肿瘤，目前尚无有效的治疗方案。本研究旨在刻画肿瘤免疫微环境（iTME）的纵向变化，以寻找潜在的可干预靶点，从而阻止GBM诱导的免疫逃逸机制。本研究纳入了15对患者匹配的初治（原发性，pGBM，WHO 4级）和复发（rGBM）IDH1野生型肿瘤。方法：分别从匹配的pGBM和rGBM新鲜冷冻肿瘤样本中提取RNA和蛋白质，通过转录组学和蛋白质组学进行分析。配对的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本用于空间转录组学分析。结果：pGBM与rGBM之间的差异表达基因和蛋白质涉及突触发育和髓鞘形成相关通路，这些通路已被证实参与GBM复发。通过将患者分为短复发时间（STTR）和长复发时间（LTTR）两组，并将TTR与基因表达进行关联分析，我们检测到与肿瘤复发正相关或负相关的基因。

FCG受体及补体系统基因（如FCGR1A（CD64）、FCGR3A（CD16a）和补体C3）的表达与STTR呈负相关，而参与DNA甲基化的DNMT1/3A和SMARCA4的高表达与LTTR呈正相关。对由GFAP表达定义的肿瘤细胞区室进行的空间转录组学分析显示，在rGBM的复发肿瘤中少突胶质细胞比例富集，而CD64阳性髓系细胞区室则显示静息态小胶质细胞向活化态转变、B细胞出现以及伴有STTR的复发肿瘤中巨噬细胞比例减少。结论：我们的结果揭示了表达CD64的髓系细胞（主要为活化小胶质细胞）在GBM复发中的作用，并提示干预这些细胞可能成为预防GBM复发的新治疗选择。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。