GSE253080：利用空间转录组学解析胶质母细胞瘤异质且协调的组织结构

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE253080

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多形性胶质母细胞瘤（GBM）是一种极具破坏性的人类恶性肿瘤，以其侵袭性强和对多种治疗干预的耐药性而著称。尽管单细胞转录组研究已揭示了广泛的瘤内异质性，但这种异质性的空间复杂性在很大程度上仍不清楚。本研究利用临床GBM标本，通过空间转录组技术探索基因表达异质性。我们的发现揭示了组织干细胞特征在坏死区与瘤周区域之间的区域显著富集，并与间充质亚型的特征呈正相关。此外，这些区域中上调的基因与ECM-受体相互作用、蛋白聚糖以及VEGF和ANGPT信号通路相关。相比之下，与糖原代谢和氧化磷酸化相关的特征基因在所有样本中均显著表达，与病理分区无关。值得注意的是，肌酸代谢在除血管富集区域外的多种细胞群中均显示富集。

这些空间分布图谱不仅可作为参考，还为未来对GBM进展进行功能和机制研究提供了深刻的指导。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。