髓母细胞瘤多组学分析揭示蛋白质组与N-糖链水平的亚型特异性可靶向改变

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243796

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

髓母细胞瘤（MBs）是分子和临床上异质性的恶性儿童脑肿瘤。组学技术——主要研究核酸——的应用显著改善了MB的分类和分层，但治疗选择仍不令人满意。蛋白质组及其N-糖基具有发现临床相关表型和可靶向通路的潜力。我们汇编了167例MBs的统一蛋白质组数据集，并将发现与DNA甲基化组、转录组和N-糖组数据整合。我们展示了六种蛋白质组MB亚型，可归属于两个主要分子程序：转录/翻译（pSHHt、pWNT和pGroup3myc），以及突触/免疫过程（pSHHs、pGroup3和pGroup4）。多组学分析揭示了在DNA甲基化组水平上，蛋白质组特征在MB亚型间不同的保守程度。侵袭性pGroup3myc MBs和预后良好的pWNT MBs在总体蛋白质组模式的聚类层级上最为相似，但在长春新碱耐药相关多蛋白复合物TriC/CCT和N-糖基周转相关因子的蛋白质丰度上存在差异。

N-糖组反映了蛋白质组亚型，复杂的平分型N-糖链是pGroup3myc肿瘤的特征。我们的研究结果揭示了MB中可靶向的改变，并为针对糖链结构的潜在免疫疗法奠定了基础。本超级系列由下列子系列组成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。