髓母细胞瘤多组学分析：蛋白质组与N-糖链水平的亚型特异性可靶向改变 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243795

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓母细胞瘤（MBs）是恶性儿童脑肿瘤，在分子和临床上具有高度异质性。为了揭示具有表型相关性的MB亚型，我们汇编了167例MB的统一蛋白质组数据集，并将研究结果与DNA甲基化和N-糖组数据进行了整合。出现了六个蛋白质组MB亚型，可归属于两大分子程序：转录/翻译（pSHHt、pWNT和pGroup3-Myc）以及突触/免疫过程（pSHHs、pGroup3和pGroup4）。多组学分析揭示了在DNA甲基化水平上，蛋白质组特征在MB亚型间具有不同的保守程度。侵袭性pGroup3-Myc MBs和预后良好的pWNT MBs在整体蛋白质组模式的聚类层级上最为相似，但在长春新碱耐药相关多蛋白复合物TriC/CCT以及N-聚糖周转相关因子的蛋白质丰度上存在差异。N-糖组反映了蛋白质组亚型，复杂平分型N-聚糖是pGroup3-Myc肿瘤的特征。我们的结果揭示了MB中新的可靶向改变，并为针对糖链结构的潜在免疫疗法奠定了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。