ATRT-SHH亚群神经祖细胞起源的影像与多组学数据集（DNA甲基化EPIC芯片）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE242089

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非典型畸胎样横纹肌样瘤（ATRT）分为MYC、TYR和SHH三个亚组，提示其起源谱系多样。在此，我们研究了诊断时人类ATRT的影像学表现，以及Rosa26; Cre-ERT2::Smarcb1flox/flox模型中脑肿瘤的确切解剖起源。这种跨物种分析指向MYC肿瘤起源于脑外。此外，我们明确区分了起源于小脑前叶（CAL）的SHH ATRT与起源于基底节（BG）和脑室内（IV）区域的SHH ATRT。分子特征指向中脑-后脑边界为CAL SHH ATRT的起源，而神经节隆起为BG/IV SHH ATRT的起源。SHH ATRT的单细胞RNA测序支持这些假说。轨迹分析表明，SMARCB1缺失诱导了一个由神经元程序抑制因子（如REST、ID和NOTCH通路）介导的去分化过程。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。