胶质母细胞瘤细胞丝氨酸与甘氨酸剥夺诱导的基因表达

该数据集来自 NCBI GEO(GSE235422),研究胶质母细胞瘤细胞在细胞外环境丝氨酸和甘氨酸受限条件下的基因表达变化

geo
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基因组预测GPL185739606
GSE235422: Serine and glycine deprivation-induced gene expression in glioblastoma cell

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

胶质母细胞瘤细胞丝氨酸与甘氨酸剥夺诱导的基因表达

GSE235422 数据集来自 NCBI GEO,聚焦胶质母细胞瘤细胞在细胞外环境丝氨酸和甘氨酸受限条件下的基因表达变化。该数据集通过高通量测序开展表达谱分析,旨在判断胶质母细胞瘤细胞在丝氨酸与甘氨酸供应受限时是否出现基因表达谱的改变。数据集归属于肿瘤/脑肿瘤分类,包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE235422_series_matrix.txt.gz,作者为 Jong-Ho,Lee,发布时间为 Jun 21 202。整体而言,该数据集为研究氨基酸限制对胶质母细胞瘤转录组影响提供了直接的表达谱数据来源。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是脑肿瘤研究中的重要对象。该数据集关注细胞外环境中丝氨酸和甘氨酸受限这一条件,试图回答胶质母细胞瘤细胞在此类营养限制下基因表达谱是否发生改变。源站描述明确指出,研究目的是确定胶质母细胞瘤细胞在细胞外环境丝氨酸和甘氨酸受限条件下是否具有 altered gene expression profiles。这一背景使数据集与肿瘤代谢、氨基酸供应与基因表达调控等研究方向相关联。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE235422_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL18573 和 9606,表明数据属于高通量测序表达谱分析,涉及平台 GPL18573 与物种编号 9606。数据集分类为肿瘤/脑肿瘤。除上述文件与标签信息外,源站未提供更细的样本数量、分组设计或具体基因列表等内容。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 条目 GSE235422。源站标题为 Serine and glycine deprivation-induced gene expression in glioblastoma cell,作者为 Jong-Ho,Lee,发布时间为 Jun 21 202。数据集围绕胶质母细胞瘤细胞在丝氨酸和甘氨酸受限条件下的基因表达展开,采集与实验细节除源站描述外未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究胶质母细胞瘤细胞在丝氨酸和甘氨酸受限条件下的基因表达谱变化,可用于肿瘤代谢与营养限制相关表达分析等场景。由于主题标签涉及高通量测序表达谱,适合作为表达谱层面的数据资源使用。具体分析场景应结合源站信息与数据本身判断,源站未提供更多适用场景说明。

【使用方法】

可下载数据文件 GSE235422_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。源站未提供更详细的分析流程或参数设置。

【质量与限制】

数据集仅含 1 个文件,源站未提供样本量、重复数、质控指标等质量信息。使用时应以源站描述为准,注意数据覆盖范围有限,源站未提供额外限制说明。

【引用与许可】

作者为 Jong-Ho,Lee,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。许可信息源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE235422

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为确定胶质母细胞瘤细胞在细胞外环境丝氨酸和甘氨酸受限条件下基因表达谱是否发生改变,我们利用两种条件下RNA-seq获得的数据进行了基因表达谱分析。

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