Hedgehog基因表达程序调控基底细胞癌与髓母细胞瘤的脂质代谢

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE233744

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数据说明

Hedgehog（Hh）通路的异常激活可导致髓母细胞瘤（儿童最常见的恶性脑肿瘤）和基底细胞癌（美国最常见的癌症）等癌症。Hedgehog信号通过初级纤毛传导，其中Hedgehog配体与Patched1结合，并通过与纤毛相关甾醇脂质的相互作用激活Smoothened。驱动细胞对纤毛Hh信号应答的基因表达程序尚不完全清楚。因此，为确定Hh靶基因，我们对经Hh配体（Shh、Dhh、Ihh）、纤毛相关脂质（7b,27-二羟基胆固醇、24(S),25-环氧胆固醇）或激活Smoothened的合成脂质或小分子（20(S)-羟基胆固醇、SAG）处理后的细胞进行了RNA测序。使用Hh通路激动剂处理确定了由155个基因组成的核心基因表达程序，这些基因驱动脂质合成、代谢、信号传导、黏附或血管生成。

这些数据集与Hh-人类髓母细胞瘤（n=？）的RNA测序、Hh相关髓母细胞瘤的Math1-Cre SmoM2小鼠遗传模型（n=？）以及人类基底细胞癌（n=10）进行了整合，以确定恶性Hh信号传导与经典Hh信号传导的不同之处。我们发现人类或小鼠髓母细胞瘤中对纤毛Hh信号存在保守响应，包括已知靶基因如Gli1或Ptch1，以及新靶基因如Hsd11b1或Retnla。重要的是，机制研究表明Hsd11b1是Hh信号传导的假定负调控因子，在恶性肿瘤中失调。我们进一步证明Retnla是Hh信号传导的正调控因子，驱动Hsd11b2的表达，而Hsd11b2是Hedgehog相关髓母细胞瘤的可成药依赖性。过表达Hsd11b1或Retnla的神经上皮干细胞的原位植入表明，源自Hsd11β1过表达的肿瘤更为原始且侵袭性较低，而Retnla过表达形成的肿瘤则

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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