碳环5-aza-2'-脱氧胞苷抗代谢物提高TET表达与5-羟甲基胞嘧啶形成的RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE225153

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

十-十一易位（TET）酶是关键的表观遗传调控因子，它们以α-酮戊二酸依赖的方式将基因组中甲基化的胞嘧啶核碱基5-甲基-dC（5mdC）氧化为5-羟甲基-dC（5hmdC）。由于特定基因启动子区域中5mdC的存在会沉默其表达，这种氧化过程与这类沉默基因的重新激活相伴发生。在急性髓系白血病（AML）和胶质母细胞瘤等不同高度侵袭性癌症中，TET酶功能的丧失及因此导致的5hmdC水平降低为肿瘤发展铺平了道路。TET活性的损伤可通过代谢抑制、TET基因自身的功能丧失性突变，以及最终通过表观遗传沉默抑制TET表达而发生。重新激活TET酶表达是表观遗传癌症治疗的一个主要目标。在此我们展示，碳环抗代谢物5-氮杂-2‘-脱氧胞苷（cAzadC），本被认为在复制过程中抑制DNA甲基化，却导致TET2表达的大幅增加以及5hmdC水平的强烈升高。

我们展示，使用cAzadC治疗与细胞抗肿瘤反应的广泛重新激活密切相关。通过患者来源的异种移植AML小鼠模型，我们表明这在体内转化为显著增强的抗癌效果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。