弥漫性中线胶质瘤/DIPG DNA甲基化势能景观分析（RNA-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE224500

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）是一种在儿童中一致致命的脑干肿瘤，由组蛋白H3第27位赖氨酸（K27M）突变驱动，导致表观遗传调控改变。DIPG的表观基因组分析显示，抑制性染色质标记整体丢失，并伴有DNA低甲基化。然而，提供表观基因组静态视图的研究不足以捕捉DIPG瘤内异质性和表型可塑性的调控基础。为解决这一问题，我们对23例原发患者DIPG标本、4例患者来源的DIPG神经球细胞系和5例正常对照进行了全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS），并应用了一种分析DNA甲基化变异性的新框架，从而能够推导出捕获内在表观遗传变异的全面全基因组DNA甲基化势能景观。我们表明，DIPG表现出显著无序的表观基因组，DNA甲基化日益随机化，并定位于关键调控元件和基因。

我们展示了调控多能性和发育身份的基因存在显著的表观遗传不稳定性，这可能使细胞能够采样多样化的转录程序和分化状态。随后，我们评估了DIPG表观遗传景观对药物调节的反应性。使用DNA去甲基化剂地西他滨治疗，导致了全基因组范围的深度去甲基化，并降低了活跃增强子、二价启动子和关键发育基因启动子处的DNA甲基化随机性。地西他滨治疗引发了基因表达的变化，包括免疫信号的上调，并使DIPG细胞对组蛋白去乙酰化酶抑制的效果更为敏感。本研究为剖析构成DIPG异质性和可塑性的表观遗传不稳定性提供了资源，提示应用表观遗传疗法来限制DIPG细胞可用的表观遗传状态范围。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。