胶质母细胞瘤中赖氨酸特异性去甲基化酶1抑制数据集
该数据集来自NCBI，标题为胶质母细胞瘤中赖氨酸特异性去甲基化酶1抑制，包含1个文件GSE224082_series_matrix.txt.gz，作者为Joya和Chandra，发布时间为2024年1月30日
基本信息
资源简介
胶质母细胞瘤中赖氨酸特异性去甲基化酶1抑制数据集
GSE224082 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集，英文标题为“Inhibition of lysine-specific demethylase 1 inhibition in glioblastoma”，中文可译为“胶质母细胞瘤中赖氨酸特异性去甲基化酶1的抑制”。该数据集聚焦于肿瘤尤其是脑肿瘤方向，旨在通过转录组层面考察 LSD1 抑制所产生的效应，研究手段涵盖基因敲低与小分子抑制两种方式。数据集由 Joya 和 Chandra 提交，发布时间为 2024 年 1 月 30 日，共包含 1 个数据文件，即 GSE224082_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集为研究胶质母细胞瘤中 LSD1 功能及相关转录组变化提供了可公开获取的表达谱资源。
【数据集背景】
赖氨酸特异性去甲基化酶1（LSD1）是一种参与表观遗传调控的酶，在肿瘤发生发展中受到广泛关注。该数据集以胶质母细胞瘤为研究背景，考察对 LSD1 进行抑制后产生的转录组效应。根据源站描述，研究同时采用遗传学敲低和小分子抑制两种策略来干预 LSD1，从而在表达谱层面观察其影响。数据集的主题标签为“Expression profiling by high throughput sequencing”，表明其表达谱数据基于高通量测序技术获得；标签中还包含 GPL20301 平台信息以及物种标识 9606（即人类）。这些信息共同界定了该数据集的研究对象与技术路线。
【数据内容】
该数据集的文件数量为 1，文件样例为 GSE224082_series_matrix.txt.gz，属于系列矩阵文件，通常用于汇总样本层面的表达信息。数据集分类为肿瘤 / 脑肿瘤，主题围绕胶质母细胞瘤中 LSD1 抑制的转录组效应。源站描述明确指出其目的是研究通过遗传敲低和小分子抑制两种方式抑制 LSD1 后的转录组影响。除上述信息外，样本数量、分组设计、具体基因列表等细节源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI 站点，属于公开可获取的基因表达数据资源。数据由 Joya 和 Chandra 提交，发布时间为 2024 年 1 月 30 日。主题标签中给出的 GPL20301 为平台标识，9606 为人类物种标识，说明数据来自人类样本的高通量测序表达谱。关于样本采集地点、伦理审批信息、测序机构等具体来源细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于胶质母细胞瘤中 LSD1 抑制相关转录组研究，可用于比较遗传敲低与小分子抑制两种干预方式下的表达谱变化，也可作为表观遗传调控与脑肿瘤研究方向上的参考数据。对于关注 LSD1 功能、胶质母细胞瘤表达谱特征的研究者，该数据集提供了可用的公开数据资源。由于仅包含一个系列矩阵文件，其更适合作为表达谱层面的汇总数据使用。具体的分析场景与结论适用范围需结合源站信息判断，源站未提供更详细的适用说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE224082_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩格式，需先解压再读取。读取时应按文件格式进行解析，建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。由于文件为系列矩阵形式，通常包含样本与表达值的对应关系，使用前应确认行列表头与样本标识的对应关系。关于具体的分析流程、标准化方法等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，数据规模有限，使用时应关注其覆盖范围是否满足研究需求。源站未提供样本数量、重复设计、质控指标等信息，因此数据质量细节无法从现有信息中确认。此外，发布时间记录为 2024 年 1 月 30 日，使用时应留意版本与更新情况。对于数据完整性、批次效应等潜在限制，源站未提供相关说明。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Joya 和 Chandra，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。使用时应遵循源站的引用规范与数据使用条款。关于具体的许可协议、引用格式等细节，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE224082
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Investigate transcriptome effects of LSD1 inhibiton via genetic knockdown and small molecule inhibition
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
