单细胞RNA测序揭示小鼠胶质瘤恶性进展中免疫抑制性髓系细胞多样性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE221440

标准获取流程：

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数据说明

低级别胶质瘤(LGG)约占青少年和年轻人(AYA)中所有胶质瘤诊断的三分之二，这些患者的恶性进展会导致不良预后。近期研究表明，高级别胶质瘤(HGG)中动态肿瘤微环境的重要性，但其在低级别胶质瘤恶性进展中的作用仍知之甚少。在此，我们利用一种由血小板衍生生长因子(PDGF)驱动的RCAS(具有剪接受体的复制 competent ASLV 长末端重复序列)胶质瘤模型，研究了免疫微环境的异质性，该模型重现了人类低级别向高级别胶质瘤的恶性进展，并提供了一个表征免疫细胞运输和演化的模型系统。为了阐明肿瘤进展过程中免疫细胞景观的变化，我们对从无肿瘤(NT)、LGG和HGG动物中分离出的免疫细胞进行了单细胞RNA测序，特别关注了已知介导胶质瘤免疫抑制的髓系细胞区室。

低级别胶质瘤（LGGs）在肿瘤微环境中显示出显著增加的浸润性T细胞、CD4 T细胞、CD8 T细胞、B细胞和自然杀伤细胞，而高级别胶质瘤（HGGs）则显著抑制了这种浸润。我们的研究在肿瘤微环境中鉴定出两个不同的巨噬细胞簇；其中一个簇似乎来源于骨髓，而另一个簇则以Trem2的过表达为特征，Trem2是髓系细胞亚群中已知的抗肿瘤免疫标志物。我们的数据表明，这两个不同的巨噬细胞簇在LGG中表现出免疫激活表型（Stat1、Tnf、Cxcl9和Cxcl10），而在HGG中演变为免疫抑制状态（Lgals3、Apoc1和Id2），从而限制了T细胞的募集和激活。我们确定CD74和巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）是这些不同巨噬细胞群体的潜在靶点。有趣的是，我们对TCGA数据集的分析也反映了这些结果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。