胶质母细胞瘤单细胞图谱：细胞互作与肿瘤结构

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE211376

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤，IDH野生型（GB）是一种侵袭性脑恶性肿瘤，预后极差且生活质量低下。大规模数据整合有助于揭示尚未探索的肿瘤病理生物学。为解析肿瘤微环境的组成并重建GB的细胞图谱，我们创建了“GBmap”，这是一个经过精心整理的数据资源，其核心在于协调统一了16个数据集，汇集了110名患者的数据，涵盖超过33万个细胞。通过迁移学习，我们用另外十个数据集“升级”了我们的图谱参考（扩展版GBmap），其中包括我们自己分析的GB组织，最终形成了一个包含26项研究、240名患者和超过110万个细胞的集合。我们展示了该资源在多种场景下的应用，从参考映射到生物学发现。GBmap代表了一个框架，能够对新数据进行 streamlined 表征、整合和解读，并为探索性分析、假设生成和验证提供了一个平台。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。