异常DNA甲基化扭曲非典型畸胎样/横纹肌样肿瘤发育轨迹

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE197569

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非典型畸胎样/横纹肌样肿瘤（AT/RTs）是一种儿童脑肿瘤，以其侵袭性强、突变率极低以及异常但尚未解决的表观遗传调控而著称。为评估AT/RTs中与甲基化相关的调控，我们通过整合DNA甲基化（507个样本）、基因表达（120个样本）和公开的转录因子（TF）结合数据，将其与髓母细胞瘤和脉络丛肿瘤进行了比较。我们发现，DNA甲基化升高掩盖了驱动神经发育的转录因子结合位点，并与AT/RTs中特定神经调控因子的转录减少相关。高甲基化位点在AT/RTs和多能干细胞中的表现基本相似，揭示了DNA甲基化驱动的细胞分化停滞。AT/RT特有的DNA高甲基化与多梳抑制复合物2成员（如EZH2）相关，并与在神经发育和肿瘤发生中发挥作用的基因受到抑制有关。所获得的结果突出并表征了这些DNA甲基化程序作为AT/RT恶性驱动因素的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。