MEOX2 敲低后胶质母细胞瘤干细胞的 RNA-seq 分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE196141

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

关于胶质母细胞瘤起源，最广为接受的假说认为胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）是起源细胞，同时也是该肿瘤对化疗和放疗高度耐药及其复发的原因。MEOX2是一种在胶质母细胞瘤中过表达的转录因子，其表达与患者生存率呈负相关。基于我们在所测试的六种GSC系中观察到MEOX2表达显著增强，我们在两种不同的GSC系中进行了shRNA介导的敲低实验，发现MEOX2的缺失抑制了它们的自我更新和生长能力，并增加了凋亡性细胞死亡。通过深入的转录组分析，我们鉴定出一组响应MEOX2敲低而受到调控的核心基因。在这些基因中，被抑制的基因大量富集于参与缺氧反应和糖酵解途径的基因，这两个密切相关的途径有助于高级别胶质瘤对治疗的耐药性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。