GSE139380：RSK1异常表达与免疫浸润性高级别胶质瘤

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE139380

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数据说明

p90核糖体S6激酶（RSK）家族是Ras/细胞外信号调节激酶（ERK）信号通路的下游靶点，可介导与哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合物1（mTORC1）通路的交互作用。由于RSK在胶质瘤中连接两条致癌通路，我们研究了非肿瘤脑组织（NB）和I-IV级胶质瘤中RSK亚型RSK1-4的蛋白水平。在任何脑组织中均未检测到RSK4表达，而RSK3表达极低，其中胶质母细胞瘤（GBM）的RSK3蛋白水平最低。与NB或低级别胶质瘤（LGG）相比，排除长期生存病例的一组胶质母细胞瘤（RSK1hi）表达更高水平的RSK1。NB和胶质瘤之间RSK2中位表达水平无差异；然而，胶质母细胞瘤（GBM）中高水平的RSK2与更差的生存相关。RSK1hi型GBM以及程度较轻的RSK2hi型GBM显示更高水平的磷酸化RSK，表明RSK被激活。

转录组分析表明，大多数RSK1hi胶质母细胞瘤属于间充质亚型，且RSK1表达与免疫浸润基因表达特征强烈相关，尤其是活化自然杀伤细胞和M2巨噬细胞。在一个独立队列中，我们证实RSK1hi胶质母细胞瘤排除了长期生存者，且RSK1表达与间充质亚型标志物LAPTM5的高蛋白水平相关，也与CD68的高表达相关，后者提示存在浸润的免疫细胞。基于差异表达的mRNA获得了RSK1特征基因集，并在公共胶质瘤数据集中进行了验证。RSK1特征基因集的富集随胶质瘤进展而增加，重现了RSK1蛋白表达，并且不仅与胶质母细胞瘤而且与低级别胶质瘤的较差生存相关。总之，RSK1和RSK2均与胶质瘤恶性程度相关，但表现出亚型特异性特征。其表达随进展而变化并与免疫浸润相关，提示RSK1可作为潜在

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。