促纤维增生性黏液样肿瘤甲基化谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE138221

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非典型畸胎样/横纹肌样瘤（ATRT）是一种高度恶性的脑肿瘤，主要发生于婴儿。SMARCB1基因突变是其特征性遗传学病变。我们对一系列SMARCB1缺陷的颅内肿瘤进行了特征分析，这些肿瘤具有独特的临床、组织病理学和分子学特征。4例女性和3例男性的中位年龄为40岁（范围：15-61岁）。所有肿瘤均位于松果体区。组织病理学上，这些肿瘤显示梭形和上皮样细胞嵌入促纤维增生性间质中，并与程度不等的疏松黏液样基质交替分布。所有病例均显示细胞核SMARCB1/INI1蛋白表达缺失。从福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样本中提取DNA后，使用制造商提供的标准方案进行纯化和亚硫酸氢盐转化，所有样本均使用HumanMethylation450 BeadChip芯片或MethylationEPIC BeadChip芯片（Illumina公司，加利福尼亚州圣迭戈）进行分析。6份样本通过初始质量控制并进一步分析。大多数DNA甲基化谱无法使用海德堡脑肿瘤分类器（版本v11b4）进行分类。

然而，在无监督t-SNE分析和层次聚类分析中，所有肿瘤紧密聚集在一起，并与ATRT-MYC显示出相似性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。