髓母细胞瘤及其亚组长链非编码RNA的计算机分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134248

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓母细胞瘤是儿童最常见的脑肿瘤，具有高恶性和高致死率。近期利用全基因组技术开展的大规模患者研究揭示了髓母细胞瘤在转录组和表观遗传层面的异质性，将其分为四个主要亚组：WNT、SHH、第3组和第4组。然而，长链非编码RNA在髓母细胞瘤中的作用仍不清楚。长链非编码RNA是调控性转录组的重要组成部分，已被证明可调控基因表达水平和蛋白质相互作用。对髓母细胞瘤中长链非编码RNA认识相对不足，部分原因是缺乏推测具有功能性的候选长链非编码RNA。基于175例髓母细胞瘤患者的RNA-seq数据，我们鉴定出一个诊断和预后特征标签。我们在源自SHH、第3组和第4组患者样本的PDX模型中验证了该诊断模型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。