组蛋白H3.3 G34突变促进异常PRC2活性并驱动肿瘤进展 [ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE133718

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童胶质瘤和骨肿瘤中，编码组蛋白变体H3.3第34位甘氨酸的基因存在显著高频的单等位错义突变。我们发现G34突变明显阻碍SETD2对H3K36的甲基化。因此，H3K36甲基化的减少导致G34突变核小体上PRC2介导的H3K27me3水平升高。我们发现，在小鼠间充质干细胞(mMSCs)中表达H3.3G34W会促进含有SETD2的活跃增强子处H3K27me2/3的异常增加和H3K27ac的丢失。表达H3.3G34W的mMSCs表现出独特的转录程序，该程序依赖于PRC2的顺式活性，并在体内显示出增强的肿瘤发展。总之，我们证明H3.3G34致癌组蛋白通过干扰SETD2介导的H3K36甲基化来选择性地促进PRC2活性。我们提出，PRC2介导的参与细胞分化的增强子沉默代表了驱动这些恶性肿瘤的潜在机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。