PIK3CA突变变体驱动的人胶质母细胞瘤细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE133116

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RTK/RAS/PI3K通路是所有癌症中肿瘤发生的关键驱动因素，90%的胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤在该通路中表现出改变。在该通路的特定基因中，PI3K催化亚基PIK3CA的突变见于11%的GBM肿瘤。对GBM样本的测序揭示了若干已知的热点突变（E545K、H1047R），这些突变在多种癌症中驱动肿瘤发生，同时还发现了一系列63个框内突变（已收录于COSMIC数据库），这些突变在很大程度上仍未被分类。来自患者来源的原代GBM细胞系的细胞经慢病毒感染的不同的PIK3CA突变体（或mCherry对照报告基因），并植入小鼠体内。随后对产生的肿瘤进行了基因表达分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。