成人与儿童IDH野生型胶质母细胞瘤单细胞RNA测序分析

该数据集来自NCBI GEO,标题为成人与儿童IDH野生型胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序分析。研究对28例胶质母细胞瘤患者的24,131个单细胞进行了转录组测序,其中7,930个细胞采用Smartseq2、16,201个采用10X平台

geo
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基因组分类GPL185739606
GSE131928: single cell RNA-seq analysis of adult and paediatric IDH-wildtype Glioblastomas

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

成人与儿童IDH野生型胶质母细胞瘤单细胞RNA测序分析

GSE131928 数据集来自 NCBI GEO,标题为“成人与儿童 IDH 野生型胶质母细胞瘤的单细胞 RNA 测序分析”,属于肿瘤 / 脑肿瘤分类。该研究旨在理解 IDH 野生型胶质母细胞瘤中表达状态的多样性,对来自 28 例胶质母细胞瘤患者的 24,131 个单细胞进行了单细胞 RNA 测序,其中 7,930 个细胞采用 Smartseq2 平台、16,201 个细胞采用 10X 平台。数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE131928_series_matrix.txt.gz,作者为 Julie Laffy,发布时间为 May 29 201,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL18573 平台以及物种编号 9606。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是脑肿瘤研究中的重要对象,IDH 野生型胶质母细胞瘤在成人与儿童患者中均存在。该数据集的核心目标即在于刻画此类肿瘤内部表达状态的多样性。源站描述指出,为理解 IDH 野生型胶质母细胞瘤中表达状态的多样性,研究者对 28 例胶质母细胞瘤患者的单细胞进行了转录组测序。数据集标题同时覆盖成人与儿童两类人群,提示其关注不同年龄背景下 IDH 野生型胶质母细胞瘤的单细胞表达特征。该数据集归属于肿瘤 / 脑肿瘤分类,来源于 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE131928_series_matrix.txt.gz。源站描述给出的核心数据规模为 24,131 个单细胞,来自 28 例胶质母细胞瘤患者;按测序平台划分,7,930 个细胞采用 Smartseq2,16,201 个细胞采用 10X。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL18573 和 9606,分别对应高通量测序表达谱分析、平台编号与物种编号。除上述文件与细胞数量信息外,源站未提供更细的字段结构、基因数量或临床注释信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“single cell RNA-seq analysis of adult and paediatric IDH-wildtype Glioblastomas”。作者为 Julie Laffy,发布时间为 May 29 201。样本层面,源站描述明确为 28 例胶质母细胞瘤患者,细胞层面共 24,131 个单细胞,分别通过 Smartseq2 与 10X 两种单细胞 RNA 测序方式获得。关于样本采集地点、伦理审批、患者临床特征与随访信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕 IDH 野生型胶质母细胞瘤的单细胞转录组分析,例如比较成人与儿童患者肿瘤细胞表达状态的多样性、考察不同单细胞测序平台所得细胞群体的表达特征,以及在高通量测序表达谱框架下开展脑肿瘤相关探索。由于数据覆盖 28 例患者和 24,131 个单细胞,也可用于单细胞层面的细胞状态异质性研究。具体分析目标应结合源站描述与数据实际内容确定,源站未提供预设的分析场景清单。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE131928_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码问题导致批量处理出错。由于当前仅有 1 个文件,接入流程应围绕该文件展开;关于文件内部矩阵的具体行列含义、注释信息与配套元数据,源站未提供进一步说明。

【质量与限制】

源站描述提供了细胞总数、患者例数及两种平台的细胞分配情况,但未提供测序深度、质控指标、细胞过滤标准、批次信息与临床注释等细节,相关质量评估信息源站未提供。数据集仅含 1 个文件,文件样例为 GSE131928_series_matrix.txt.gz,使用前需自行核对字段与编码。发布时间记为 May 29 201,年份信息不完整,源站未提供更完整的日期说明。引用与许可方面,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款信息。使用该数据集时,应遵循 NCBI GEO 来源站的相关要求;具体引用格式与使用许可,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE131928

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了解IDH野生型胶质母细胞瘤表达状态的多样性,我们通过单细胞RNA测序对来自28名GBM患者的24,131个单细胞进行了分析(其中7,930个细胞采用Smartseq2技术,16,201个细胞采用10X技术)。

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