胶质母细胞瘤患者基因组拷贝数变异与生存结局

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE125255

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤等位基因特异性拷贝数分析（ASCAT）在评估拷贝数变异（CNV）时，会考虑异常细胞比例（ACF）和肿瘤倍性。在此，我们评估ASCAT评估的CNV是否与WHO IV级胶质瘤患者的生存结局相关。方法：我们确定了56名WHO IV级胶质瘤患者。通过Affymetrix OncoScan FFPE Assay分析的肿瘤数据产生了对数比率（R）和B等位基因频率（BAF）。输入ASCAT后，利用分割功能量化CNV，以测量整个基因组中的拷贝数拐点。采用Kaplan-Meier方法评估总生存期（OS）和无进展生存期（PFS），并通过log-rank检验比较亚组。结果在癌症基因组图谱（TCGA）胶质母细胞瘤数据集中得到验证。结果：我们队列的中位年龄为60.4岁（范围：26.1-86.3）。25例（44.6%）肿瘤MGMT超甲基化，6例（10.7%）有IDH1突变。中位随访时间为36.4个月，中位PFS和OS分别为8个月和14.7个月。较高的log R和BAF片段计数与更长的PFS相关，风险比（HR）分别为0.32和0.49（p<0.001和p=0.022）。

log R片段计数较高的患者12个月OS显著更长（81% vs 46.3%，p=0.0088）。在TCGA验证队列中，BAF片段计数较高者12个月OS更长，log R则呈现延长趋势（分别为62.3% vs 51.9%，p=0.0129和63.6% vs 55.2%，p=0.0696）。结论：我们的分析表明，基因组CNV增多的患者PFS和OS更长。这可能为评估胶质母细胞瘤预后提供一种新方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。