致癌染色体外DNA作为移动增强子全局放大染色体转录

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE124769

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

染色体外环状DNA（ecDNA）正逐渐成为癌症基因组中一种普遍但特征尚不明确的致癌性改变。我们利用ChIA-PET和ChIA-Drop染色质相互作用检测技术，在全基因组范围内表征由ecDNA介导的、影响癌症转录程序的染色质接触。在胶质母细胞瘤患者来源的神经球和前列腺癌细胞培养物中，ecDNA以广泛的ecDNA内部及全基因组染色体相互作用为特征。ecDNA-染色质接触焦点以广泛且高水平的H3K27ac信号为特征，这些信号主要汇聚于表达水平升高的染色体基因上。含有由已表征增强子构成的合成ecDNA环的前列腺癌细胞，可导致染色体基因转录的全基因组激活。在单分子分辨率下解析ecDNA的染色体靶标，揭示了其与在ecDNA导向的相互作用网络内空间聚集的活跃表达致癌基因的关联。我们的结果表明，ecDNA可作为移动的转录增强子发挥作用，促进肿瘤进展，并揭示了一种潜在的癌症转录调控合成非整倍体机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。