染色质图谱揭示胶质母细胞瘤发育编码转录状态 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119834

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤是一种无法治愈的脑癌，其特征是高度的遗传和病理异质性。在此，我们通过绘制44个胶质母细胞瘤干细胞（GSC）模型、50个原发性胶质母细胞瘤和10个神经干细胞（NSC）的活性染色质景观，并结合基因表达、全外显子组、拷贝数谱和DNA甲基化组，旨在识别必需的超级增强子（SE）相关基因以及建立这些基因和胶质母细胞瘤身份的核心转录因子。胶质母细胞瘤分为两种主要的增强子谱，它们利用独特的发育转录因子调控程序来强化肿瘤身份。从组特异性增强子谱中，我们推断出定义亚组身份的核心转录因子。这些转录因子在胶质母细胞瘤中比在正常神经干细胞中表现出更高的活性，与不良临床结果相关，并且是胶质母细胞瘤体外和体内生长所必需的。鉴于胶质母细胞瘤基因定义靶向治疗的挑战，我们提出靶向潜在的转录身份可能是一种重要的治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。