GSE119711：胶质母细胞瘤细胞中microRNA-203特异性生物学过程的高通量RNA测序转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE119711

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们报告了表达miR-203的胶质瘤U251细胞的高通量RNA测序图谱的应用。胶质母细胞瘤(GBM)是最常见的原发性恶性颅内成人脑肿瘤。染色体14q上的等位基因缺失在GBM发病机制中起重要作用，该染色体14q位点被认为携带多个与GBM相关的肿瘤抑制基因，该区域也编码microRNA-203(miR-203)。本研究旨在通过高通量NGS-RNA测序鉴定与miR-203表达相关的全转录组谱变化。总RNA样品使用Nanodrop进行定量，并通过琼脂糖凝胶电泳进行质量鉴定。通过oligo(dT)磁珠富集mRNA，或者如果RNA样品降解或来源于原核生物，则使用Arraystar rRNA去除试剂盒去除总RNA中的rRNA。我们使用Illumina试剂盒进行RNA-seq文库制备，其中包括RNA片段化、随机六聚体引物引导的第一链cDNA合成、基于dUTP的第二链cDNA合成、末端修复、A尾添加、接头连接和文库PCR扩增等步骤。

最后，使用Agilent 2100 Bioanalyzer对制备好的RNA-seq文库进行质量检测，并通过qPCR绝对定量方法进行定量。测序则采用Illumina Hiseq 4000平台完成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。