IDH1突变胶质瘤预后缺氧相关基因集鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118683

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质瘤生长常伴随缺氧微环境，该微环境有利于胶质瘤干细胞（GSC）表型的诱导和维持。由于异柠檬酸脱氢酶1突变型（IDH1mut）GSC细胞模型匮乏，与IDH1野生型（IDH1wt）GSC相比，其在缺氧条件下的生物学特性尚未得到充分研究。因此，我们将特征明确的IDH1mut（n = 4）和IDH1wt（n = 4）GSC系分别在常氧（20%）和缺氧（1.5%）培养条件下培养，并在72小时后收集mRNA。我们进行了转录组分析，并进一步利用癌症基因组图谱低级别胶质瘤队列（LGG TCGA）的表达和临床数据，以验证性方法分析缺氧调控基因，并检验其可能的生存相关性。结果显示，IDH1wt GSC中的整体表达变化比IDH1mut GSC更为显著。然而，当聚焦于已知的缺氧调控基因集时，富集分析显示IDH1mut和IDH1wt GSC中的调控程度相当。

在IDH1mut GSCs缺氧条件下显著上调的272个基因中，通过最小绝对收缩和选择算子（LASSO）算法识别出一个由五个基因（LYVE1、FAM162A、WNT6、OTP、PLOD1）组成的缺氧相关生存评分（HRS-score），该评分能够在LGG TCGA队列和Rembrandt数据集中预测生存，且独立于年龄、1p19q共缺失状态和WHO分级（II级 vs. III级）。总之，我们得以在IDH1mut GSCs中识别并验证了一个由五个缺氧调控基因组成的新型缺氧相关生存评分，该评分与患者生存显著相关，且独立于已知的预后混杂因素。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。