脑肿瘤深度多组学分析识别癌症驱动基因下游信号网络

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE114331

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对两种由突变受体酪氨酸激酶（RTK）癌基因驱动的高级别胶质瘤（HGG）小鼠模型进行了转录组分析，这两种癌基因分别是血小板衍生生长因子受体α（PDGFRA）和神经营养受体酪氨酸激酶1（NTRK1）。此外，还对正常小鼠皮层进行了转录组分析。通过整合全蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据集，利用转录组数据来定义转录因子活性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。