iMEF SDHC缺失稳定细胞系RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE114244

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们建立了一种四环素诱导的SV-40慢病毒永生化小鼠胚胎成纤维细胞(iMEF)培养模型，用于研究SDH缺失型副神经节瘤/嗜铬细胞瘤。在该模型中，通过四环素诱导型启动子驱动cre重组酶的强力霉素依赖性表达，从而介导Sdhc floxed等位基因的沉默基因重排(R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/fl)。为便于比较，我们纳入了一株同基因型的Sdhc野生型对照细胞系(R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/wt)，该细胞系在强力霉素暴露后仍保留一个完整的Sdhc拷贝。在对两株细胞系进行强力霉素诱导后，采用有限稀释亚克隆法获得稳定的Sdhc -/-(实验组)和Sdhc +/-(对照组)细胞系。每株克隆来源细胞系的Sdhc基因重排状态均通过PCR确认。细胞系培养于标准DMEM中，培养基含青霉素/链霉素抗生素(0.5 mg/mL)、非必需氨基酸(甘氨酸、丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酸、脯氨酸和丝氨酸各100微摩尔)、丙酮酸钠(1 mM)和HEPES缓冲液(10 mM)，培养条件为21% O2和5% CO2。

在细胞系衍生及Sdhc遗传状态验证之后，通过RNA-seq对每个细胞系进行了转录组分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。