Ivy胶质母细胞瘤图谱计划（SNP）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE107558

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Ivy胶质母细胞瘤图谱项目（Ivy GAP）是一个基于解剖学详细构建的人类胶质母细胞瘤转录组图谱。作为合作方，Ivy基金会资助了Allen研究所和瑞典神经科学研究所设计并创建该图谱。Paul G. Allen家族基金会也支持了该项目。该资源包括一个查看器界面，能以0.5微米/像素的分辨率解析人工和机器注释的组织学图像（H&E和RNA原位杂交），一个转录组浏览器用于查看和挖掘基于解剖学的RNA-Seq样本，一个应用程序编程接口，描述方法及如何使用该资源的帮助文档，以及SNP阵列数据和支持性的纵向临床信息和MRI时间过程数据。

该资源作为Ivy GAP（http://glioblastoma.alleninstitute.org/）的一部分，通过Allen研究所数据门户（http://www.brain-map.org）、瑞典神经科学研究所（http://www.swedish.org/services/neuroscience-institute）的Ivy GAP临床与基因组数据库（http://ivygap.org/）以及癌症影像档案（https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/Ivy+GAP）向公众免费提供。GEO上Ivy GAP处理后的数据包括用于“胶质母细胞瘤解剖转录图谱”分析的标准化RNA-Seq FPKM文件，该研究正在审稿中。其他处理后的数据文件以及样本和供体元数据和QC指标可在http://glioblastoma.alleninstitute.org/static/download.html获取。原始RNA-Seq和SNP阵列数据将提交至dbGaP。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。