GSE106718：用患者iPS细胞来源的神经干细胞模拟SHH驱动的髓母细胞瘤

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106718

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓母细胞瘤是儿童中最常见的恶性脑肿瘤。在此，我们描述了一种髓母细胞瘤模型，该模型使用了源自Gorlin综合征患者的iPS细胞衍生的人类神经上皮干（NES）细胞，这些患者携带Sonic hedgehog（SHH）受体PTCH1的种系突变。我们发现，Gorlin NES细胞在小鼠小脑中形成的肿瘤模拟了人类髓母细胞瘤。肿瘤分离的NES（tNES）细胞的再移植导致肿瘤形成加速，细胞对生长因子的依赖性降低，体外神经球形成增强，并且对Vismodegib的敏感性增加。利用我们的模型，我们确定了LGALS1是GLI的靶基因，在Gorlin tNES细胞和髓母细胞瘤患者的SHH亚组中均上调。综上所述，我们证明源自Gorlin患者的NES细胞可作为模拟髓母细胞瘤起始和进展以及识别新型推定靶点的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。