iMEF SDHC缺失 RRBS 时间序列

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE103609

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们建立了一种四环素诱导的永生化小鼠胚胎成纤维细胞（iMEF）培养模型，用于研究SDH缺失型副神经节瘤/嗜铬细胞瘤。在该模型中，Sdhc floxed等位基因的基因重排沉默由四环素诱导型启动子驱动的、依赖多西环素的cre重组酶表达所介导（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/fl）。利用该模型及同基因Sdhc野生型对照细胞系（R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/wt），我们表征了多西环素诱导后Sdhc基因重排、蛋白丢失及琥珀酸积累的时间进程。采用简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS），我们利用Sdhc -/-细胞系定量了因琥珀酸积累所致的胞嘧啶/5’-甲基胞嘧啶全基因组分布变化。通过时间进程实验设计，我们将R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/fl（实验组）和R26M2rtTA/+;TetOcre;Sdhcfl/wt（对照组）iMEFs培养于含10% FBS的标准DMEM培养基中，并定量了这些细胞在多西环素暴露触发SDHC基因重排后随时间变化的DNA甲基化改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。