骨巨细胞瘤中组蛋白变体H3.3 G34W替代关联染色质与RNA加工的RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE103559

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管由组蛋白及其翻译后修饰调控的转录过程已被充分描述，但组蛋白变体与转录变化之间的联系仍鲜有表征。H3.3频繁发生的突变——导致儿童胶质母细胞瘤和骨巨细胞瘤（GCTB）中G34位点替换——可能为理解这一过程提供重要线索。本研究建立了GCTB患者的原代细胞系，并利用其揭示对细胞生长行为、基因表达及染色质压缩的影响。携带G34W的原代细胞表现出克隆形成、浸润和增殖能力增强，这些是侵袭性肿瘤发展的标志性特征。携带G34W的同源细胞系重现了原代细胞中观察到的增殖增强。原代细胞和活检组织的转录组分析表明，大多数基因表达下调，这也反映在染色质压缩增加上。我们在携带GFP标记H3.3的已建立同源细胞系中，鉴定出剪接体复合物的组分与G34W特异性相互作用。

RNA测序分析和基于杂交的验证进一步证实了剪接异常。我们的数据揭示了在RNA加工和染色质调节中的作用，这一作用被G34W阻断，可能驱动了GCTB中的肿瘤发生过程。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。