胶质瘤细胞系中受Sox2调控的基因
该数据集来自omicsdi.org，属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为Transcriptomics。数据基于LN229胶质瘤细胞系，通过敲低Sox2并利用Applied Biosystems Human Genome Survey Microarrays进行基因表达检测，对比Sox2敲低组与模拟敲低
基本信息
资源简介
胶质瘤细胞系中受Sox2调控的基因
该数据集名为“Genes regulated by Sox2 in glioma cancer cell line”，来源于omicsdi.org，归属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为Transcriptomics。数据集围绕LN229胶质瘤细胞系展开，核心实验策略是敲低Sox2基因，并利用Applied Biosystems Human Genome Survey Microarrays进行全基因表达检测，将Sox2敲低组与模拟敲低组进行对比，以获取受Sox2调控的基因信息。源站描述指出，Sox2敲低会降低LN229胶质瘤细胞在体外的生长速率，因此该数据集旨在从转录组层面刻画Sox2在胶质瘤细胞中调控的基因表达全局程序。整体而言，该数据集属于转录组学范畴，聚焦脑肿瘤中Sox2调控机制的研究，为理解Sox2在胶质瘤细胞生长与基因表达调控中的作用提供微阵列表达数据基础。
【数据集背景】
该数据集来源于omicsdi.org，属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为Transcriptomics。其研究背景建立在LN229胶质瘤细胞系之上，源站描述明确指出，敲低Sox2会降低LN229胶质瘤细胞在体外的生长速率。基于这一表型观察，研究者希望进一步从基因表达层面理解Sox2在胶质瘤细胞中所发挥的调控作用。因此，该数据集的核心目标被表述为“获取胶质瘤细胞系中受Sox2调控的基因”。这一背景将Sox2的生物学功能与胶质瘤细胞的生长行为联系起来，并通过转录组检测手段探索其下游基因表达变化。该数据集不涉及其他细胞系或体内模型，其背景信息完全围绕LN229细胞系中Sox2敲低实验展开。
【数据内容】
该数据集的内容为基因表达微阵列数据，用于比较Sox2敲低LN229细胞与模拟敲低LN229细胞之间的全局基因表达差异。源站描述提到，实验使用Applied Biosystems Human Genome Survey Microarrays对RNA进行杂交检测，目的是详细描绘Sox2敲低后LN229细胞中基因表达的全局程序。数据所覆盖的基因范围、具体差异表达基因列表、表达倍数变化、统计显著性指标以及原始荧光信号值等细节，源站未提供。数据集的主题标签为Transcriptomics，表明其内容属于转录组层面的表达谱数据。整体数据内容聚焦于Sox2调控的基因集合，而非其他分子层面或表观遗传修饰信息。
【采集与来源】
该数据集的采集与来源信息如下：来源站为omicsdi.org；生物样本为LN229胶质瘤细胞系；实验处理包括Sox2敲低组和模拟敲低组；培养条件为DMEM细胞培养基；核酸提取类型为RNA；检测平台为Applied Biosystems Human Genome Survey Microarrays。源站描述指出，Sox2敲低LN229细胞和模拟敲低LN229细胞均在DMEM细胞培养 media 中培养，随后进行RNA提取并在上述微阵列平台上杂交。关于细胞培养的具体代数、敲低方法、模拟对照的具体处理、RNA提取试剂盒、杂交实验步骤、重复次数以及数据采集的扫描参数等信息，源站未提供。该数据集的来源站为omicsdi.org，其原始数据可能关联其他公共数据库，但源站未提供具体链接或登录号。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关研究场景，尤其是针对胶质瘤细胞系中Sox2调控基因的探索。由于主题标签为Transcriptomics，且数据基于LN229细胞系和Applied Biosystems Human Genome Survey Microarrays，其潜在适用方向包括：分析Sox2敲低后LN229细胞中基因表达谱的变化；筛选受Sox2调控的候选基因；将本数据集的表达变化与胶质瘤细胞生长速率下降的表型进行关联讨论；作为脑肿瘤转录组研究中的对比数据或验证数据。此外，该数据集也可用于方法学参考，例如了解利用微阵列技术研究转录因子调控基因表达的实验设计思路。但需注意，源站未提供具体的差异基因列表或分析结果，因此适用场景应限于基于原始或处理后表达数据的二次分析，而非直接引用特定基因结论。
【使用方法】
该数据集的使用方法需基于源站描述中提及的实验设计进行理解。用户可获取Sox2敲低LN229细胞与模拟敲低LN229细胞的微阵列表达数据，并按照转录组学常规分析流程进行比较。具体步骤可能包括：数据预处理、归一化、差异表达分析、功能富集分析等。然而，源站未提供数据下载方式、文件格式、数据预处理状态、是否已归一化、是否包含原始数据或仅包含处理后数据、以及配套的分析代码或注释文件。因此，实际使用时应首先确认数据可及性和格式。若数据为原始微阵列信号，则需进行背景校正和归一化；若为已处理数据，则可直接用于差异比较。由于源站未提供具体操作指南，用户需依据Applied Biosystems Human Genome Survey Microarrays的通用分析流程自行处理。此外，源站未提供样本分组的具体数量或重复信息，因此使用时应谨慎评估统计效力。
【质量与限制】
该数据集的质量与限制信息中，源站未提供关于数据质量评估、重复性、批次效应、缺失值比例、信号饱和度或验证实验的具体说明。已知的限制包括：数据仅基于LN229单一胶质瘤细胞系，未涉及其他细胞系或体内模型；实验仅使用微阵列技术，未提供RNA测序或其他正交验证数据；源站描述未提及差异表达分析的统计阈值或多重检验校正方法；未提供完整的基因列表或调控结论。此外，源站未提供样本量、生物学重复或技术重复的具体数目，因此无法评估结果的稳健性。该数据集的主题标签为Transcriptomics，但未提供与其他组学层面的整合信息。使用者在解释结果时，应考虑到这些未提供的质量指标和限制，避免过度推断Sox2在胶质瘤中的普遍调控机制。
【引用与许可】
该数据集的来源站为omicsdi.org，但源站未提供具体的引用文献、作者列表、发表期刊、DOI、数据许可协议或使用条款。因此，关于如何引用该数据集、是否允许商业使用、是否允许再分发或修改等许可信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应直接访问omicsdi.org以获取可能的引用要求和许可说明。若源站未明确许可，建议遵循一般公共数据集的使用惯例，并联系数据提供方以确认使用权限。该数据集的主题标签为Transcriptomics，分类为肿瘤/脑肿瘤，但引用与许可相关的元数据在源站描述中未出现，因此无法在此提供具体指引。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-23838
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在体外实验中，敲低LN229胶质瘤细胞中的Sox2会降低其生长速率。我们采用微阵列技术，详细分析了Sox2敲低LN229细胞与模拟敲低LN229细胞相比的全局基因表达程序。Sox2敲低LN229细胞和模拟敲低LN229细胞均在DMEM细胞培养基中培养，以提取RNA并在Applied Biosystems人类基因组调查微阵列上进行杂交。我们旨在获取由Sox2在胶质瘤细胞系中调控的基因。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
