GBM-Space：胶质母细胞瘤转录组与染色质可及性联合图谱（10x Genomics Multiome）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-17183

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在胶质母细胞瘤这一无法治愈的脑肿瘤中，癌细胞展现出高度异质性和可塑性的状态。然而，这些恶性状态如何产生，以及它们是否在肿瘤间遵循既定的细胞轨迹，目前尚知之甚少。在此，我们构建了人类胶质母细胞瘤的深度单细胞和空间多组学图谱，该图谱结合了来自多个区域的12个肿瘤的转录组、表观基因组和基因组分析。使用时请引用De Jong等人，bioRxiv 2025。本提交包含作为GBM-space图谱一部分生成的每个多组学反应的单核联合转录组和染色质可及性测序（10x Genomics）的Cell Ranger ARC处理输出。参见README_cellranger_arc.md。我们还提供了整个数据集中经过处理和注释的10x多组学snRNA-seq和snATAC-seq对象。分别参见GBM_space_snRNA_README.md和GBM_space_ATAC_filtered_peaks_README.md。最后，我们提供了源自GBM-space图谱的元细胞水平聚合snRNA-seq表达和snATAC-seq基因活性评分，用于Saraswat M等人，bioRxiv 2025中的表观遗传可塑性分析。参见README_metacell.md。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。