嗜铬细胞瘤（PHEO）与副神经节瘤（PGL）肿瘤样本表达数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-39716

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

已使用人类HuGene1.0-ST基因芯片评估基因型特异性的表达谱差异。在此数据集中，我们纳入了来自8例正常肾上腺髓质和45例PHEOs/PGLs患者样本的表达数据。从病灶中心采集外观存活的組織，并速冻以提取RNA。45例PHEO/PGL样本在切除后均由病理学家检查。携带SDHB突变的患者PKh_27和PKh_28为同一患者，样本取自不同时间的不同部位。所有病例均经组织病理学确诊为PHEO/PGL。根据遗传/综合征背景和肿瘤位置，将组织分为SDHB（n = 18）、SDHD-A/T（n = 6）、SDHD-HN（n = 8）和VHL（n = 13）组。对正常和肿瘤样本进行了微阵列分析。我们使用PAM模型来识别对每种突变类别具有选择性的最小基因子集。采用层次聚类分析来识别具有相似表达模式的样本。数据通过qRT-PCR分析进行了验证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。