五种原发性人胶质母细胞瘤与一种非肿瘤成人脑组织的表达数据
该数据集来自 omicsdi.org，包含五种原发性人胶质母细胞瘤（冷冻手术切除）和一种非肿瘤成人脑组织（冷冻尸检组织）的表达数据，共六个样本
基本信息
资源简介
五种原发性人胶质母细胞瘤与一种非肿瘤成人脑组织的表达数据
该数据集收录了五种原发性人胶质母细胞瘤（冷冻手术切除样本）与一种非肿瘤成人脑组织（冷冻尸检组织）的表达数据，共六个样本。数据集英文名称为“Expression data from five primary human glioblastomas (frozen surgical resection) and one non-neoplastic adult brain (frozen autopsy tissue)”，在来源站中归类于肿瘤/脑肿瘤方向，主题标签为转录组学。其核心用途是配合DNA甲基化与H3K4me3的全基因组分析，考察胶质母细胞瘤中DNA低甲基化可能导致的替代启动子激活现象，并通过同一批样本的表达数据，分析低甲基化与H3K4me3同时出现的位点其最近基因的表达情况。每个胶质母细胞瘤样本均与正常脑组织进行比较，以获得表达变化信息。
【数据集背景】
该数据集关注胶质母细胞瘤（GBM）中DNA低甲基化与基因表达调控之间的关系。源站描述指出，DNA低甲基化可能导致GBM中替代启动子的激活。为研究这一问题，研究者对同一批样本同时进行了DNA甲基化和H3K4me3的全基因组分析，并开展了表达与拷贝数分析。本数据集即为其中表达数据的部分，覆盖五个GBM样本和一个正常脑样本。通过将GBM样本与正常脑组织进行对比，研究者希望识别出同时具有DNA低甲基化和H3K4me3特征的位点，并进一步分析这些位点最近基因在同一份样本中的表达水平，从而建立表观遗传改变与表达变化之间的对应关系。
【数据内容】
本数据集包含六个样本的表达数据：五个原发性人胶质母细胞瘤样本，均来自冷冻手术切除组织；一个非肿瘤成人脑样本，来自冷冻尸检组织。数据主题属于转录组学。源站描述明确说明，该数据集纳入了五个GBM和一个正常脑的全部表达数据。这些表达数据用于与DNA甲基化、H3K4me3以及拷贝数分析结果进行整合。具体而言，研究者利用这些表达数据，对在GBM中同时出现DNA低甲基化和H3K4me3的位点，分析其最近基因在同一份样本中的表达情况。每个GBM样本均与正常脑样本进行比较，以获取表达变化。除上述信息外，源站未提供关于表达平台、基因数量、表达值单位或具体分析结果的更多细节。
【采集与来源】
样本来源分为两类：五个原发性人胶质母细胞瘤样本为冷冻手术切除组织，一个非肿瘤成人脑样本为冷冻尸检组织。数据集来源于omicsdi.org。源站描述提到，研究者对同一批样本进行了DNA甲基化和H3K4me3的全基因组分析，并完成了表达和拷贝数分析。本数据集专门收录其中全部表达数据。关于样本的采集时间、地点、伦理审批信息、患者人口学特征、测序或芯片平台、建库方法等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关研究，尤其是胶质母细胞瘤中表观遗传调控与基因表达关系的研究。具体而言，可用于分析GBM样本相对于正常脑组织的表达变化，也可用于整合DNA甲基化和H3K4me3数据，考察DNA低甲基化与H3K4me3共同出现的位点其最近基因的表达特征。由于数据集包含五个GBM和一个正常脑样本，适合用于探索性比较分析，而非大规模统计推断。源站描述中提到的“每个GBM样本与正常脑比较以获得表达变化”这一设计，也提示该数据可用于差异表达分析。其他具体应用方向，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，可将五个GBM样本的表达数据分别与一个正常脑样本进行比较，以获得每个GBM样本相对于正常脑的表达变化。在此基础上，可结合同一批样本的DNA甲基化和H3K4me3全基因组数据，识别同时具有DNA低甲基化和H3K4me3的位点，并分析这些位点最近基因在同一份样本中的表达水平。由于样本数量有限，分析时应注意样本配对关系和比较策略。关于数据下载方式、文件格式、预处理流程、标准化方法、所用参考基因组或注释版本等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集共包含六个样本，其中五个为GBM，一个为正常脑。样本量较小，可能限制统计功效和结论的普遍性。正常脑样本来自冷冻尸检组织，GBM样本来自冷冻手术切除组织，两者在组织来源和保存方式上存在差异，可能对表达数据产生影响。源站描述未提供关于数据质量评估、批次效应、RNA完整性、测序深度或芯片信号质量等信息。此外，该数据集仅包含表达数据，DNA甲基化、H3K4me3和拷贝数分析结果并未包含在本数据集中。关于样本的临床信息、病理分级、分子分型等，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或相关发表文献信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-49412
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
DNA低甲基化可能导致GBM中替代启动子的激活。我们对全基因组的DNA甲基化和H3K4me3进行了分析，并对相同样本进行了表达和拷贝数分析。在此数据集中，我们包括了五个GBM和一个正常大脑的所有表达数据。我们在GBM中识别出同时具有DNA低甲基化和H3K4me3的位点，并利用这些数据分析了同一样本中最近基因的表达。共分析了六个样本。每个GBM样本与正常大脑进行比较，以获得表达变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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