非脑干儿童高级别胶质瘤 RNA 测序数据集(HERBY II 期随机试验)

该数据集来自 HERBY II 期随机试验,包含 20 例非脑干儿童高级别胶质瘤的新鲜冷冻手术组织 RNA 样本,采用 Illumina 全转录组双端测序,数据以双端 FASTQ 文件形式提供

omicsdi
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基因组分类Genomics
ena-DATASET-INSTITUTE OF CANCER RESEARCH-09-04-2018-09:18:06:837-4012 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

非脑干儿童高级别胶质瘤 RNA 测序数据集(HERBY II 期随机试验)

该数据集收录了来自 HERBY II 期随机试验的非脑干儿童高级别胶质瘤 RNA 测序样本,共涉及 20 例病例。样本取自新鲜冷冻的手术组织,采用 Illumina 全转录组双端测序策略完成测序,最终数据以双端 FASTQ 文件形式提供。数据集在分类上归属于肿瘤领域下的脑肿瘤方向,主题标签为 Genomics,来源站为 omicsdi.org。整体而言,该数据集聚焦于儿童高级别胶质瘤这一特定肿瘤类型的转录组层面信息,可为相关研究提供原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集来源于 HERBY II 期随机试验。HERBY 试验针对的是非脑干儿童高级别胶质瘤这一疾病类型。儿童高级别胶质瘤是儿童中枢神经系统肿瘤中较为复杂的一类,而将研究对象限定为非脑干病例,意味着排除了发生于脑干区域的肿瘤,使样本所代表的疾病群体具有更明确的解剖部位界定。数据集所属分类为肿瘤 / 脑肿瘤,主题标签为 Genomics,表明其核心内容围绕基因组学层面的信息展开。源站为 omicsdi.org,该平台用于汇集和索引多组学相关数据资源。

【数据内容】

数据集包含 20 例非脑干儿童高级别胶质瘤病例的 RNA 测序数据。测序对象为新鲜冷冻手术组织中的 RNA。测序方式为 Illumina 全转录组双端测序,即对转录组进行覆盖,并采用双端读长策略。数据以双端 FASTQ 文件形式提供,FASTQ 是测序领域常见的原始数据格式,通常包含序列读长及其对应的质量信息。数据集名称中包含“samples”字样,提示其以样本为单位组织数据。除上述内容外,源站未提供关于数据文件数量、单个文件大小、读长长度、测序深度、总数据量等更细化的描述。

【采集与来源】

样本采集自接受 HERBY II 期随机试验相关诊疗的儿童患者,具体为 20 例非脑干儿童高级别胶质瘤病例。组织类型为新鲜冷冻手术组织,即手术切除后经冷冻保存的组织材料,从中提取 RNA 用于后续测序。测序在 Illumina 平台上以全转录组双端测序方式完成。数据来源站为 omicsdi.org。关于样本采集的具体时间跨度、采集机构、伦理审批信息、患者人口学特征、肿瘤分级或分子分型的详细构成等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于围绕非脑干儿童高级别胶质瘤的转录组研究。由于提供的是原始双端 FASTQ 文件,适合开展从原始读长开始的转录组分析流程,例如序列比对、转录本定量、基因表达水平估计、融合基因检测、可变剪接分析等常规 RNA 测序下游分析方向。同时,该数据来自 HERBY II 期随机试验这一特定临床研究背景,也可用于与该试验相关的探索性分析。需要说明的是,具体适用场景受限于样本量(20 例)以及源站所提供信息的范围,源站未提供关于该数据集已验证分析用途的说明。

【使用方法】

使用者可获取以双端 FASTQ 文件形式提供的数据,并按照 RNA 测序常规流程进行处理。通常包括对原始读长进行质量控制、去除低质量序列或接头污染、比对至参考转录组或基因组、进行转录本组装与定量,以及后续的差异表达或功能注释分析。由于数据为双端测序,分析时需将配对读长文件成对处理。关于参考基因组版本、推荐分析软件、预处理参数等具体操作指引,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为 20 例,属于相对有限的规模。数据以原始 FASTQ 形式提供,未说明是否经过额外的质控过滤或标准化处理。关于测序质量评分分布、是否存在低质量样本、批次效应、RNA 完整性等质量相关信息,源站未提供。此外,该数据集仅涵盖非脑干儿童高级别胶质瘤,不包含脑干病例或其他儿童胶质瘤亚型,因此外推至更广泛人群时需谨慎。关于数据使用的具体限制条件,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。使用者在利用该数据集时,应自行查阅来源站 omicsdi.org 上对应的原始记录以确认相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004070

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对HERBY II期随机试验中非脑干儿童高级别胶质瘤进行RNA测序。取自20例病例的新鲜冷冻手术组织的RNA接受了Illumina全转录组配对末端测序。数据以配对末端FASTQ文件形式提供。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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