胶质母细胞瘤发病机制中的EGFRvIII/STAT3靶点

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-51281

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

下一代测序平台被用于在EGFRvIII表达背景下识别STAT3靶点。将3个EGFRvIII阳性脑肿瘤干细胞系（BTSC #68、73和90）的mRNA与一个EGFRvIII阴性细胞系（#41）进行比较，以识别人类BTSC中受EGFRvIII调控的靶点。通过mRNA-seq分析表达EGFRvIII或MSCV的星形胶质细胞，识别了小鼠星形胶质细胞中依赖EGFRvIII的靶点。通过对EGFRvIII、STAT3f/f和EGFRvIII、STAT3-/-星形胶质细胞进行mRNA-Seq分析，获得了表达EGFRvIII的小鼠星形胶质细胞中STAT3差异性调控的基因。使用STAT3抗体或IgG对照通过ChIP-Seq识别了表达EGFRvIII的星形胶质细胞中STAT3占据位点。我们在表达EGFRvIII的人类BTSC和小鼠星形胶质细胞中均鉴定出OSMR是STAT3的直接靶点。因此，为了识别OSMR调控的基因，我们使用慢病毒介导的RNAi系统在表达EGFRvIII的星形胶质细胞中敲低OSMR。通过将OSMR敲低（KD1和KD2）星形胶质细胞与对照组（ShRNA对照和载体对照）进行比较，获得了依赖OSMR的差异表达基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。