胶质母细胞瘤DNA甲基化谱：对基因表达与临床结局的影响（Illumina）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-22867

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

要解析胶质母细胞瘤侵袭性表型所涉及的表观遗传事件，并指导新的治疗策略，需要对DNA甲基化水平进行基因组规模的测量。为此，我们对40例新诊断的胶质母细胞瘤患者的甲基化谱和表达谱进行了全基因组整合分析。我们还在一组50例接受统一放化疗及同步和辅助替莫唑胺治疗（STUPP方案）的患者队列中，筛查了CpG位点甲基化水平与总生存期之间的关联。甲基化分析鉴定出616个在胶质母细胞瘤与对照脑组织之间差异甲基化的CpG位点，其中四分之一以一致的方式差异表达。在这些一致的CpG位点中，有13个基因在我们的胶质母细胞瘤队列中显示出启动子甲基化与表达水平之间的负相关：B3GNT5、FABP7、ZNF217、BST2、OAS1、SLC13A5、GSTM5、ME1、UBXD3、TSPYL5、FAAH、C7orf13和C3orf14。这些基因的表达可能受到表观遗传机制的严格调控。生存分析鉴定出六个与总生存期相关的CpG位点。

SOX10启动子甲基化状态（两个CpG位点）以类似于MGMT的方式对患者进行分层，基于曲线下面积标准表现出更优的性能（0.78 vs. 0.71，p值 < 5.10-4）。FNDC3B、TBX3、DGKI和FSD1启动子的甲基化状态可识别出MGMT甲基化肿瘤中对STUPP治疗无响应的患者（p值 < 1.10-4）。这些标志物对治疗决策具有潜在影响。共分析了55例胶质母细胞瘤样本和3例对照脑样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。