IDH1mut过表达或2HG处理诱导的分选小鼠骨髓细胞DNA甲基化变化

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-77828

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在多种肿瘤中，如胶质瘤、软骨肉瘤、甲状腺癌、淋巴瘤、黑色素瘤以及急性髓系白血病，均已发现IDH1和IDH2酶的突变。突变的IDH1/2产生代谢产物2-羟基戊二酸（2HG），该物质干扰基因表达的表观遗传调控，从而可能促进肿瘤发生。将来自C57BL/6小鼠的HoxA9永生化骨髓细胞转导以空载体或pSF91-IDH1wt-IRES-EGFP，或pSF91-IDH1mut-IRES-GFP，并移植到受辐射的受体小鼠中。另外，将转导了空载体的HoxA9永生化细胞移植的小鼠，以1mg/天的剂量接受R-2HG治疗四周。移植/治疗四周后，从小鼠骨髓中分选出GFP+细胞，提取总DNA并进行简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS），以确定全基因组甲基化特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。