A2B5定义的人胶质瘤起始祖细胞在胶质瘤发生各阶段的差异基因表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-29796

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数据说明

成人白质的胶质祖细胞（GPCs）表达可被单克隆抗体A2B5识别的神经节苷脂，是脑胶质瘤的潜在来源。我们采用基于A2B5的分选方法，从一系列人胶质瘤中提取祖细胞样细胞，包括低级别胶质瘤、少突胶质细胞瘤、少突-星形细胞瘤、间变性星形细胞瘤和多形性胶质母细胞瘤。A2B5+肿瘤细胞在原位异种移植后表现出致瘤性，且生成的肿瘤反映了其来源肿瘤的表型。表达谱分析显示，A2B5+肿瘤祖细胞表达一组基因，借此可与正常成人白质中分离的A2B5+ GPCs区分。胶质瘤来源的A2B5+细胞差异表达的大多数基因随肿瘤分期而变化；然而，少数基因在胶质瘤发生的所有阶段均恒定表达。这些胶质瘤祖细胞相关基因包括CD24、SIX1和EYA1，它们在胶质瘤发生的所有阶段均上调；以及MTUS1和SPOCK3，它们在肿瘤进展的所有阶段均下调。

qPCR和免疫标记证实了这些基因在原发性胶质瘤中的差异表达，而通路分析则将其区分为差异活跃的信号通路。通过比较胶质瘤祖细胞与其同样分离的正常同源细胞的表达模式，我们鉴定出一组离散的致癌通路，借此既可更好地理解胶质瘤的发生机制，也能更有效地进行靶向干预。来源于疾病和/或病理匹配患者的样本，依据确切的肿瘤表型、肿瘤分级或肿瘤与正常组织样本，被视为重复样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。