Ivy GAP 脑肿瘤影像数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.7937/k9/tcia.2016.xlwan6nl

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含脑肿瘤患者的MRI/CT扫描数据，这些患者构成了Ivy胶质母细胞瘤图谱项目（Ivy GAP）的资源队列，概述如下。共有41名患者的399次扫描，包括术前、术后及随访扫描。Ivy胶质母细胞瘤图谱项目（Ivy GAP）是由Ben and Catherine Ivy基金会（慷慨提供了资金支持）、艾伦脑科学研究所及Ben and Catherine Ivy高级脑肿瘤治疗中心合作开展的项目。该项目旨在为致力于创新治疗和诊断方法开发的科学家和医生提供在线资源，以提高脑癌患者的生活质量和生存率。这些资源为在细胞和分子层面探索胶质母细胞瘤的解剖学和遗传学基础提供了前所未有的平台。

它们包括两个通过去标识化肿瘤标本编号相互链接的交互式数据库，以便于跨数据模式进行比较：• 位于www.brain-map.org的开放公共图像数据库，提供原位杂交（ISH）和RNA测序（RNA-Seq）数据，这些数据映射了胶质母细胞瘤解剖结构和推测的癌症干细胞簇中的基因表达。相关的组织学数据集已注释，适合神经病理学检查。http://glioblastoma.alleninstitute.org/ • 一个配套数据库（Ivy GAP临床和基因组数据库），提供详细的临床、基因组和表达阵列数据集，旨在阐明胶质母细胞瘤发展和进展中涉及的途径。该数据库需要注册才能访问。希望研究人员能够挖掘这些数据，识别趋势、相关性和有趣的线索，以进行进一步研究，并产生重要的转化和临床成果。http://ivygap.swedish.org

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。